中国水协的最高权力机构是会员代表大会,理事会是会员代表大会的执行机构,会员代表大会每5年召开一次。在会员代表大会闭会期间领导本协会开展日常工作。理事会设会长、副会长、秘书长。中国水协秘书处设“一室三部”:办公室、规划计划部(简称:规计部)、科技标准部(简称:科标部)、信息联络部(简称:信联部)。办公室主要负责综合事务、财务以及会员管理等。规计部主要负责5年规划和年度计划的编制与督导实施、培训以及分支机构的有关业务联系等。科标部负责科技发展规划、行业科技成果鉴定、技术咨询以及团体标准等工作的组织实施。信联部主要负责信息管理和服务包括水协、微信公众号的建立与管理;组织编制年度水业蓝皮书;负责与相关部门、行业协会、地方水协的联络与合作。